Dywedodd y bwrdd iechyd, sydd wedi bod yn monitro’r feddygfa, nad ydyn nhw wedi “nodi unrhyw dorri cytundebau na phryderon diogelwch”.
Cafodd y cwmni rheoli meddygon teulu ei feirniadu gan gleifion, meddygon, a hyd yn oed y prif weinidog ar ôl i BBC Cymru ddatgelu pryderon ynghylch sut roedd y meddygfeydd yn cael eu rhedeg.
Mae galwadau am ymchwiliad yn dyddio’n ôl i’r llynedd pan gwynodd cleifion – rhai â salwch terfynol – am drafferthion i gael apwyntiadau a thriniaethau mewn meddygfeydd sy’n gysylltiedig ag eHarley Street.
Ar un adeg, roedd eHarley Street, sydd wedi’i lleoli yn Swydd Gaerlŷr, yn cefnogi naw practis yng Nghymru o bell – wyth yn ardal Bwrdd Iechyd Aneurin Bevan.
Er bod pump wedi cael eu trosglwyddo’n ôl, mae eHarley Street yn dal i reoli Meddygfa Gelligaer, ger Ystrad Mynach, Sir Caerffili, a Phractis Meddygol Llyswyry yng Nghasnewydd, yn ogystal ag ym Mhont-y-pŵl, sy’n gwasanaethu tua 17,000 o gleifion.
Mae meddygfa yng Nghaerdydd a oedd yn cael ei reoli gan y bartneriaeth hefyd wedi cael ei drosglwyddo’n ôl i’r bwrdd iechyd.