Nos Wener, fe gyhoeddodd yr Eglwys yng Nghymru ddatganiad yn diolch i Andy John am ei wasanaeth.
Doedd dim sôn am y digwyddiadau diweddar yn esgobaeth Bangor.
Dywedodd y Parchedicaf Andrew John ei fod wedi “bod yn llawenydd enfawr i wasanaethu yn yr Eglwys yng Nghymru ers dros 35 mlynedd” a diolchodd i “glerigwyr a chynulleidfaoedd yr esgobaeth wych hon”.
Dywedodd yr Esgob Gregory Cameron, Uwch Esgob yr Eglwys yng Nghymru: “Mae Andy wedi cysegru dros bum mlynedd ar hugain o’i fywyd i weinidogaeth ordeiniedig yn yr Eglwys yng Nghymru, ac mae wedi gwasanaethu gydag ymroddiad ac egni i gyhoeddi’r Efengyl Gristnogol a denu pobl at ffydd ddyfnach yn Iesu Grist.
“Mae wedi rhoi cymaint er lles yr Eglwys yng Nghymru.
“Mae bellach yn ildio’i gyfrifoldebau sylweddol, a hynny yn yr un ysbryd sydd wedi nodweddu ei wasanaeth dros y degawdau hyn.”
Dywedodd Medwin Hughes, Cadeirydd Corff y Cynrychiolwyr yr hoffai “ddiolch yn ddiffuant am bopeth y mae wedi’i gyflawni, a mynegi fy edmygedd o ddidwylledd ei weinidogaeth dros bobl Cymru”.
Bydd pob aelod o Gorff y Cynrychiolwyr yn parhau i gadw’r Archesgob a’i deulu yn eu gweddïau.”
Daeth Andy John yn Esgob Bangor yn 2008 a chafodd ei eithol yn Archesgob Cymru ym mis Rhagfyr 2021.
Ef yw’r 14eg person i gael y teitl.